Bù trừ và thanh toán là bước thực hiện cuối cùng để hoàn tất quá trình giao dịch chứng khoán. Để thực hiện bù trừ và thanh toán giao dịch, toàn bộ dữ liệu về kết quả giao dịch chứng khoán của các Sở giao dịch chứng khoán được chuyển sang Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD) sau khi kết thúc phiên giao dịch. Việc bù trừ tiền thanh toán chứng khoán được thực hiện cho từng thành viên theo từng thị trường. Đối với các giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ, trái phiếu công ty niêm yết và đăng ký giao dịch trên các Sở giao dịch chứng khoán, tiền thanh toán giao dịch của thành viên sẽ được chuyển giao trên cơ sở VSD bù trừ chung giữa số tiền được nhận và số tiền phải trả cho các giao dịch có cùng thời gian, phương thức thanh toán tại các Sở giao dịch chứng khoán. VSD áp dụng các phương thức bù trừ và thanh toán dưới đây cho các giao dịch chứng khoán:

- Đối với giao dịch trái phiếu: VSD thực hiện thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán là T+1.

- Đối với giao dịch cổ phiếu, chứng chỉ quỹ: 

Khối lượng giao dịch	Phương thức và thời gian thanh toán
Dưới 100.000 cổ phần	Thanh toán theo kết quả bù trừ đa phương với thời gian thanh toán T+3
Từ 100.000 cổ phần trở lên	Thanh toán trực tiếp T+1

Việc thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc:

- VSD thực hiện thực hiện thanh toán chứng khoán theo hình thức chuyển giao ghi sổ thông qua hệ thống tài khoản lưu ký của thành viên lưu ký bên mua và bán; Ngân hàng thanh toán (Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam) thực hiện thanh toán tiền theo kết quả bù trừ tiền của VSD thông qua hệ thống tài khoản tiền của các thành viên lưu ký mở tại Ngân hàng thanh toán.

- Thanh toán giao dịch chứng khoán được thực hiện theo nguyên tắc: việc chuyển giao chứng khoán tại VSD diễn ra chắc chắn và đồng thời với việc chuyển tiền tại Ngân hàng thanh toán (nguyên tắc DVP - Delivery Versus Payment). Cơ chế thanh toán giao dịch DVP cho phép các bên tham gia giao dịch loại bỏ được các rủi ro về thanh toán, theo đó, bên mua và bán phải có đủ tiền và chứng khoán để đảm bảo khả năng thanh toán giao dịch chứng khoán.

Trình tự và thủ tục thanh toán bù trừ chứng khoán được quy định cụ thể tại Quy chế hoạt động bù trừ và thanh toán chứng khoán ban hành kèm theo Quyết định số 27/QĐ-VSD ngày 22/4/2010 và Quyết định số 102/QĐ-VSD ngày 14/7/2010 về việc sửa đổi, bổ sung Quy chế hoạt động bù trừ và thanh toán chứng khoán ban hành kèm theo Quyết định số 27/QĐ-VSD ngày 22/4/2010 của Tổng Giám đốc VSD.

Quy chế hoạt động bù trừ và thanh toán chứng khoán ( đính kèm)

Quyết định sửa đổi, bổ sung Quy chế hoạt động bù trừ và thanh toán chứng khoán (đính kèm)